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顺治十八年,被任命为广西罗城知县。罗城县处在万山之中,流行瘴气瘟疫,民风粗犷凶悍。又正处于战争之后,遗地荒草荆棘,县城中仅有六家居民,县城也没有城墙和官署。
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于成龙到任以后召集官吏百姓安抚他们,明确保甲制度。有强盗出现,就立即抓捕治理,向上级请示,审判清楚后就处决,百姓安居乐业,全力耕作土地。
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于成龙和百姓相亲相爱如同家人和父子一样。他向上级写文书请求放宽徭役制度,又兴建学舍,创立养济院,凡是应当兴办和去除的事情,都按次序一件一件实行,全县治理得很好。
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总督卢兴祖等人以政绩“卓异”为理由把他推荐给朝廷。
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康熙六年,于成龙升任四川合州知州。四川在大乱之后,合州剩下的百姓只有一百多人,可是赋税和劳役却很繁重。于成龙请求革除旧弊,招揽百姓开垦荒地,借给百姓耕牛和种子,满一个月后,户口增加到上千。
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又升任湖广黄冈的知州,官署设在岐亭,他曾经到村落中去微行私访,遍访民间隐情,遇到盗贼以及其他可疑案件,就按其踪迹抓到案犯,百姓非常惊叹佩服。
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康熙十三年,代理武昌知府。
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吴三桂进犯湖南,朝廷军队正进攻岳州时,有公文命令于成龙修造浮桥渡过军队,浮桥刚修造好,山洪暴发,浮桥被冲塌了,于成龙获罪被免除了官职。
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康熙十七年,迁官为福建按察使。有百姓因为与海外有来往而获罪,株连了几千人,案件审讯完毕,判处统统斩首。
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于成龙写信告诉康亲王杰,认为所株连的多是平民,应该查清以后释放他们。康亲王平素很敬重于成龙,就全部答应了他的请求。康熙十九年被提拔为直隶巡抚。宣化以前有因被洪水冲上泥沙覆盖的